宏基因组(Metagenomics)，也称元基因组，利用新一代高通量测序技术(Next Generation Sequencingtechnology, NGS)以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，在分析微生物多样性、种群结构、进化关系的基础上，可进一步探究微生物群体功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。与传统微生物研究方法相比，宏基因组测序技术规避了绝大部分微生物不能培养、痕量菌无法检测的缺点，因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。

应用方向

医学领域：常见疾病与人体微生物的关系研究

动物领域：肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等

农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落研究等

环境领域：雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境研究等

特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究