微生物多样性测序(又称扩增子测序)是一种利用高通量测序技术对PCR所扩增的16S、18S、ITS等微生物物种特征序列的PCR产物进行检测的研究方法。此类方法不需要对微生物进行分离纯化培养，尤其适用于环境微生物等样本的研究。

应用方向

医学领域：常见疾病与人体微生物的关系研究

动物领域：肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等

农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落研究等

环境领域：雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境研究等

特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究